（1）、水价的运行机制。按照国务院《水利产业政策》的要求，各水利工程管理单位均按照政策规定并结合自身实际，实施了水价成本测算。实施六年来，绝大多数水管单位均不能按照测算审批的成本水价计收水费，普遍的实收水价只占成本价的百分之四十左右。虽然水管单位所供的水是商品，其中凝结着商品生产者巨大的物化劳动和活劳动，但却不能从低廉的收费价格中获得合理的补偿，不能维持简单再生产的正常进行，必然导致水管单位职工的生活贫困和职工队伍的不稳定。水价的审批是由国家各级价格管理部门严格控制的，既不能按照商品的价值规律和供求关系定价，又不能得到政府的价格补贴，这实际是政府转嫁了水商品成本支出的负担。因此，目前全国水管单位的巨大亏损，其主要原因均是政策性亏损。

　　（2）、水费的计收机制。多年来，水费的征收都是由地方各级政府以“实物计量、货币结算”的方式实施的，在九十年代后期改为“按亩计量、货币征收”的方式。这在计划经济时期，依靠行政手段征收水费是可行的，但在市场经济时期就出现了许多矛盾。第一是征收主体的错位：由于水具有商品的属性，就不能回避市场经济规律，回避买卖双方直接见面的供需服务关系。近年来，许多地方政府普遍出现入不敷出、财政严重赤字的状况，必然将广大农户所解交的水费用于发放工资、奖金、建办公楼、修学校及地方社会公益设施等支出。因此，普遍出现了地方各级政府特别是乡镇挤占、挪用、截留水费等违纪违规的现象，导致一些水利工程管理单位的欠收水费高达几千万元的严重后果。第二是计量标准的失衡：在计量收费的方式上，长期沿用按设计灌面或八十年代初定的灌面，将田土面积折合为标准亩计收水费。近二十年来，我国的社会经济结构发生了巨大的变化，特别是农村产业结构调整、乡镇城市化的建设，使田土的比例和各类经济作物的用水量与原有核定的标准严重背离。所以，传统的水费计征方式已经不能适应形势的发展。

　　（3）、水利资产收益划分的机制。在水利工程的单项或单位工程资产中，同一类固定资产往往同时发挥出两种不同的功能效益，如水库工程中的大坝、溢洪道、放水设施、放空设施等项目，既为防洪保安发挥作用，又为蓄水、养殖、发电、旅游等发挥作用。因此，公益性资产和经营性资产各自所发挥的效益就很难用准确的数据进行价值定量，区分其社会效益和自身经济效益。

　　（4）、水利工程的管理和养护机制。我国的大中型水利工程或灌区大多数都是在上世纪五十至七十年代建成的，主要是通过大搞群众运动的方式建设，加之受当时技术、资金条件的限制，普遍存在设计要求低、建设标准低、施工质量不高、渠道防渗不配套等问题。经过几十年的运行，造成水利工程老化失修、跨塌水毁严重、水的利用率低、水资源损失浪费惊人，并且存在重大的水利工程安全隐患。近年来，我国大江大河的堤坝和各类水库的防洪抢险任务十分艰巨，水库跨坝、渠道跨塌等事故时有发生。这是由于水利工程管理和养护维修机制不顺所造成的后果。

　　由于水利工程管理运行机制中的问题涉及面广、内容多、情况复杂，因此，这是水利工程管理体制改革的难点。

　　4.运行管理经费的问题。

　　水管单位在防洪、排涝管理和商品生产经营活动的过程中，必然要耗费大量的人力、物力、财力，而这些支出的补偿主要来自于水费收入。由于我国是一个农业大国，长期以来受到“以粮为纲”，“无粮不稳”和“水是天上掉的，无价无偿的”观念的影响，加之我国的农业是弱势产业，需要国家大力扶持和政策保护，所以，水商品的价格一直不到位，而国家对公益性支出不予补偿，导致水管单位的运行管理经费十分短缺。另外，按照国家政策规定，每年的复员转业退伍军人的安置，大中专毕业生的分配，又形成水管单位人员增多、机构臃肿、素质低下，根本无法实行水资源和人力资源的优化配置。许多大中型水利工程管理单位由于没有经费，长期以来，没有加入养老保险、医疗保险、失业保险、住房公积等社会保障体系，大量职工退休、下岗、待岗后，基本生活没有保障，单位和个人的后顾之忧非常严重，特别是在我国的西部落后地区和基层水管单位犹为突出。

　　5.水管单位性质问题。

　　水管单位的性质经历了“事业单位、企业管理”、“生产型事业单位”的过程，长期实行“自收自支”、“以收抵支”的预算管理形式，没有得到科学、客观、合理的准确定位。究其原因主要在于历史的局限性和国家经济不发达所致。水利工程既是国民经济的基础设施，社会发展的基本保证，又是社会经济发展和安定团结的基础。因此，理应得到国家的重点扶持和财力的支撑。由于水管单位管理的内容比较复杂，因此，结合实际界定单位性质就非常必要。光靠水管单位的经营性收入来补偿公益性和经营性的支出是不合理的，也是补偿不

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